少年三国志的剧情进步不完全符合历史事实，整体以三国历史大脉络为骨架，大量融入玄幻原创设定、演义化改编和游戏化剧情创作，决定因素战役和阵营走给贴合历史轮廓，人物关系、核心情节和全球观均经过艺术重构，并非严谨的历史还原。

游戏主线沿用黄巾之乱、讨伐董卓、官渡之战、赤壁之战、三国鼎立等历史节点，魏蜀吴群雄的阵营划分和核心势力范围基本贴合正史记载，玩家推进主线时能清晰感受到乱世割据到三方对峙的历史走给，这是剧情和历史重合的核心部分。但剧情中加入了灵帝幼子、仙法道术、异界势力等原创设定，主角身份和核心使命均为虚构，彻底脱离正史记载，刘关张结义、吕布戏貂蝉等桥段更多取自三国演义演绎，和三国志等史料记载存在明显差异，武将的性格塑造和人物关系也为适配方法做出大幅调整。

剧情在战役细节上同样偏给戏剧化改编，赤壁之战的火攻流程、夷陵之战的战局推进虽保留历史名称，但交战经过、武将对决、胜负诱因均为游戏化设计，部分历史上未直接交手的名将被安排对决，战败方的大结局和势力消亡节拍也为适配关卡推进做出修改。群雄阵营的人物剧情更是大幅原创，左慈、于吉等方士被赋予核心剧情地位，楼兰等异域势力被纳入三国战局，这些内容在正史中并无关联记载，纯粹为丰盛关卡和方法服务。

结合剧情延伸的方法也进一步弱化历史严谨性，名将传方法为每位武将打造唯一传记剧情，补充大量正史未记载的个人故事和情感故事，用于解开武将碎片和养成资源；主线关卡的剧情战斗强制玩家以虚构主角视角干预战局，改变部分历史事件的进步走给，阵营切换和武将招募制度也完全脱离历史逻辑，以策略组合和战力成长为核心目标。玩家在尝试剧情时，更多是感受三国气氛和英雄故事，无法将其当作历史参考，只能视为依托三国背景的原创冒险叙事。